โครงสร้างองค์กร สถาบันทรัพยากรการเรียนรู้และเทคโนโลยีดิจิทัล ได้แบ่งโครงสร้างองค์กรภายใต้การกำกับ ดูแลของอธิการบดี และรองอธิการบดีที่รับผิดชอบ โดยกำหนดให้มีผู้อำนวยการสถาบัน และรองผู้อำนวยการสถาบัน ได้แบ่งเป็นกลุ่มภารกิจทั้งหมด 5 กลุ่มภารกิจ ดังนี้ 1. กลุ่มภารกิจบริหารงานทั่วไป 2. กลุ่มภารกิจจัดการและบริการทรัพยากรสนเทศ 3. กลุ่มภารกิจพัฒนาระบบเทคโนโลยีดิจิทัล 4. กลุ่มภารกิจนวัตกรรมสื่อดิจิทัล 5. กลุ่มภารกิจโครงสร้างพื้นฐานและความมั่นคงปลอดภัย
